Новосибирская область очень богата водой. По ее территории протекает около 430 рек, в том числе одна из крупнейших рек мира -река Обь. Реки, образующие реку Обь, берут начало в ледниках Алтайских гор, впадает она в Северный Ледовитый океан. В 1956 году недалеко от Новосибирска река Обь была перекрыта плотиной гидроэлектростанции, в результате чего образовалось искусственное водохранилище - Новосибирское водохранилище (Обское море). Новосибирское водохранилище образовалось при разливе реки Обь у плотины Новосибирской ГЭС. Его площадь - 1070 кв.км, длина - 200 км (заходит на территорию Алтайского края), максимальная глубина - 20 м. "Обское море" - излюбленное место отдыха местных жителей и туристов. На его берегах стоят дома отдыха, санатории и пансионаты, каждый из которых имеет пляж. В водах водохранилища водятся судак, щука, язь, налим, елец, плотва, караси и окунь, что привлекает сюда множество рыбаков.
На реке Оби развито судоходство. Из крупных рек области стоит отметить также Иню, вдоль которой расположены дачи многих новосибирцев; живописную Бердь; неторопливые равнинные реки левобережья: Тару, Омь, Каргат, Карасук.
Новосибирскую область иногда называют "озерным краем", действительно, здесь огромное количество озер, по разным подсчетам от 3 до 6 тысяч. Озера расположены преимущественно в Барабинской низменности, они обычно мелководные, с заросшими, заболоченными берегами. На юго-западе много соленых и горько-соленых озер. Частично солоноватым является и самое крупное озеро Западной Сибири - Чаны. Несмотря на обширность, это озеро мелкое, его средняя глубина около 2 метров. Особенность Чанов в том, что площадь озера периодически то увеличивается, то уменьшается в соответствии с многолетними природными циклами.
Зимой реки и озера покрываются льдом, толщина которого достигает 1 метра. Мелкие водоемы промерзают до дна.
Около 30 процентов территории занято болотами. Большие массивы болот расположены на севере области, куда заходит своим южным краем самая обширная в мире система болот - Васюганские болота. Заболоченный север области - места труднодоступные и малозаселенные людьми, со множеством озер и озерных систем, в которых еще сохранились в больших количествах трофейные экземпляры рыб.